A bíróság a kétféle szervezetet többféleképpen szüntetheti meg. Az egyesületet másként, mint az alapítványt. Az eljárási szabályok és a végelszámolás szabályai annyiban módosulnak, hogy ha a bíróság az egyesületet feloszlatja, törvényességi ellenőrzési eljárásban megszünteti vagy megállapítja a megszűnését, kényszer-végelszámolást kell lefolytatni.

Egyesület

Feloszlatás: A szervezetet a bíróság feloszlatja az ügyész keresetére, ha a szervezet működése vagy tevékenysége sérti az Alaptörvény C) cikk (2) bekezdését („Senkinek a tevékenysége nem irányulhat a hatalom erőszakos megszerzésére vagy gyakorlására, illetve kizárólagos birtoklására. Az ilyen törekvésekkel szemben törvényes úton mindenki jogosult és köteles fellépni.”), ha bűncselekményt vagy bűncselekmény elkövetésére való felhívást valósít meg, valamint mások jogainak és szabadságának sérelmével jár. Ezek szigorú feltételek, amelyek betartására a civil tv. 3. § (3) bekezdése figyelmeztet. Az ügyészség mérlegeli a kérdést, és keresetet indít a feloszlatásért a bíróságon. A bíróság mérlegeli a bizonyítékokat és dönt a feloszlatásról peres eljárás során.

Megszüntetés és megszűnés megállapítása: A bíróság a törvényességi ellenőrzési eljárás következményeként szünteti meg a civil szervezetet, erre két esetben van lehetősége. A törvényességi ellenőrzési eljárás során (lásd az ügyészség törvényességi ellenőrzési eljárásáról írtakat) az ügyészség határidőt tűz ki a törvényes működés helyreállítása érdekében és erre kötelezi a legfőbb szervet. A határidő eredménytelen eltelte vagy a működés törvényességének helyreállíthatatlansága esetén a bíróság megszünteti az egyesületet.

A bíróság az ügyész keresete alapján megállapítja az egyesület megszűnését, ha az legalább egy éve nem működik, vagy tagjainak száma több mint fél éven át a legkisebb létszám (tíz tag) alá csökken, mert pl. egy tíztagú egyesületből egy vagy több tag kilépett.

Fizetésképtelenség miatti megszüntetés: A bíróság megszünteti az egyesületet, ha arról kiderül a csődeljárás vagy a felszámolási eljárás során, hogy az nem tud fizetni. Erről lásd a csődeljárásról és a felszámolási eljárásról szóló kérdésekre adott válaszokat.

Alapítvány

Alapítvány esetében nincs mód az alapító vagy a kezelő szerv döntésétől függő megszűnésre. A kezelő szerv ugyanis csak kérelmezheti a törlést, a bíróság dönt a törlésről akkor, ha az alábbi feltételek valamelyike fennáll:

1. az alapítvány célja megvalósult (a gyakorlatban az alapítványok célja általában nem tud maradéktalanul megvalósulni, mert az alapítók a legtöbb esetben olyan alapítványokat jegyeznek be, amelyek célja mindig fennmarad: pl. a környezetvédelemért tett erőfeszítések hatására nem valósulhat meg a környezet maradéktalan megvédése, vagy az ifjúság neveléséért hozott áldozatok és fáradozások sem eredményezhetik a cél megvalósulását, mert az ifjúság mindig „újratermelődik”), vagy az meg nem hiúsult;
2. az idő eltelt (az alapítványt csak tíz évre hozza létre az alapító), vagy ha alapítvány a célja elérése érdekében 3 éve nem folytat tevékenységet, illetve 
3. a feltétel bekövetkezett (pl. amíg Magyarországon be nem vezetik az eurót, vagy be nem lép az Európai Unióba).

A törlési eljárást akkor is lefolytatja a bíróság, ha az alapítványt megszünteti vagy más alapítvánnyal való egyesítését rendeli el.

Az alapító kérelmére a bíróság akkor szünteti meg az alapítványt, ha annak célja lehetetlenné vált. 2014. március 15. után erre akkor is sor kerülhet, ha az alapító bizonyítani tudja, hogy az alapítvány legalább 3 éve nem végzett tevékenységet. Ezekben az esetekben is mérlegel a bíróság. Fontos, hogy a bíróság nem azt mérlegeli, hogy a cél megvalósíthatatlansága miatt megszünteti-e a szervezetet, a törvényi szöveg a „megszünik” és nem a „megszüntetheti” kifejezést használja: ha a cél megvalósítása lehetetlenné vált, akkor a bíróság nem mérlegel (csak azt, hogy valóban lehetetlenné vált-e a cél), hanem megszünteti a szervezetet.

Az ügyész keresetére a bíróság megszünteti az alapítványt, ha céljának megvalósítása lehetetlenné vált, illetőleg ha jogszabályváltozás folytán a bejegyzést meg kellene tagadnia (mert pl. a korábban jogszerű cél jogellenessé vált).

Pl. Az alapítvány alapítását bizonyos alapítóknak megtiltja a jogszabály, vagy bizonyos célok megvalósítását megtiltja a jogszabály, ami korábban nem volt jogellenes.

A bíróság az alapítványt megszüntetheti (tehát ebben az esetben a döntést is mérlegeli), ha a kezelő szerv (szervezet) tevékenységével veszélyezteti az alapítvány célját, és az alapító – a bíróság felhívása ellenére – a kijelölést nem vonja vissza és kezelőként nem jelöl ki más szervet (szervezetet).

A bíróság az egyesülethez hasonlóan szintén megszünteti a törvényességi ellenőrzésen megbukott (a törvényes működés helyreállíthatatlansága vagy a határidő elmulasztása miatt) alapítványt.

Az alapító az alapítvány megtételekor gyakorlatilag „magára hagyja” az alapítványt a jelenleg hatályos magyar szabályozás alapján. Nem írja elő semmilyen szabály, hogy a kezelő jelentésekkel, beszámolókkal tájékoztassa az alapítót stb. A kezelő a célnak megfelelően használja az alapítvány vagyonát.

Ha az alapítvány törvényellenesen működik, és erről az alapító nem tud, és az alapítvány megbukik a törvényességi ellenőrzésen (lásd a törvényességi ellenőrzésről szóló válaszokat ), ez ellen az alapító nem tehet semmit, jogkörei nincsenek.

Az ügyészség kérelmezheti a szervezet megszüntetését. Mind az egyesületre, mind az alapítványra igaz, hogy a törvényességi ellenőrzési eljárás során megbukott szervezetet (lásd a törvényességi ellenőrzésről szóló válaszokat) a bíróság az ügyész keresetére megszünteti.

Egyesület: Az ügyész akkor is keresetet nyújt be, ha az egyesület létszáma 10 fő alá csökken, illetve akkor is, ha az már egy éve nem működik, továbbá akkor is, ha a tevékenysége bűncselekményt vagy arra való felhívást valósít meg stb. (Lásd a Mi történik, ha a bíróság megszünteti a szervezetet? kérdésre adott választ a … oldalon.) A bíróság a keresetre megszünteti a szervezetet (ha a keresetlevélben foglaltak fennállnak).

Alapítvány: Az ügyész keresetet nyújt be a cél megvalósulása, az idő eltelte vagy a feltétel bekövetkezése, illetve a cél ellehetetlenülése esetén is.

Az ügyész keresetére a bíróság határozatot hoz, ami ellen a perrendtartás általános eljárása szerint fellebbezésnek van helye, valamint az ügyész törvényességi ellenőrzési eljárása során tett intézkedései, hozott határozatai ellen (amennyiben azok törvénysértők) kifogásnak van helye (az ügyészségről szóló törvény szerint).

A felszámolási eljárás során a hitelezők kielégítést nyernek, méghozzá úgy, hogy az eljárás a hitelezők kérelmére indul. A felszámolási eljárás megindítását a hitelezők kérelmére a bíróság a csődtörvény alapján indítja meg.

Pl. A szervezet adós helyzetbe került, azaz tartozik egy másik szervezetnek vagy magánszemélynek, és nem tud (vagy nem szándékozik!) fizetni, azaz fizetésképtelenné vált. Fizetésképtelenség esetén a hitelező a bíróságtól kéri a felszámolási eljárás megindítását, igazolva azt, hogy felszólította a szervezetet fizetésre, és az határidőn belül nem fizetett (teljesített). A bíróság határoz a felszámolási eljárás megindításáról. Ha a szervezet valóban nem képes a fizetésre, a felszámolási eljárás során megvizsgálják a vagyonát, és abból elégítik ki a hitelezőket (több feltétel alapján meghatározott sorrendben).

Alapítvány esetében a szabály a következőt rendeli: „a megszűnt alapítvány vagyonát – az alapító okirat eltérő rendelkezése hiányában – a bíróság a Nemzeti Együttműködési Alap támogatására köteles fordítani”. Eltérő rendelkezést az alapító okirat tartalmazhat, amely – akár az alapítónak is – visszajuttathatja a vagyont.

Egyesület esetében gyakorlatilag ugyanaz a szabály: „az egyesület alapszabálya vagy a törvény eltérő rendelkezése hiányában a megszűnt egyesületnek a hitelezői igények kielégítése után megmaradt vagyona a civil szervezetek támogatására való felhasználás céljából a Nemzeti Együttműködési Alapot illeti meg. A vagyon felhasználásának módját a Civil Információs Portálon nyilvánosságra kell hozni.”

Közhasznú szervezetek esetében nincs olyan szabály, ami ezeket a szabályokat árnyalná. A megmaradt vagyon esetében figyelemmel kell lenni arra, hogy a szervezetnek a megszűnését megelőzően nem lehetett elsődlegesen gazdasági-vállalkozási tevékenysége.

A civil törvény 2014. március 15-étől hatályba lépő szabályai a jogutód nélküli és a jogutóddal történő megszűnés jogintézményét is átalakították. Korábban (2014. március 15-éig) a civil szervezetek csak jogutód nélkül szűnhettek meg. A jogutóddal történő megszűnésre nem volt lehetőség.

Önálló szabályokat alkotott a jogalkotó a végelszámolás, a kényszer-végelszámolás, az egyszerűsített törlési eljárás, valamint a jogutóddal történő megszűnés esetére is (az átalakulás jogintézményét bevezeti a civil szervezetekre vonatkozó jogba is). A felszámolási és csődeljárás tekintetében ugyan megváltoztatta jogalkotó a szabályokat, de alapvetően nem alkotott önmagukban álló új rendelkezéseket, hanem szerkezetileg a csődtörvényhez képest kiegészítő jellegű szabályokat tartotta meg.

A civil törvény részletes szabályokat alkotott a civil szervezetek átalakulására vonatkozóan is, ami két irányú lehet: egyesülés és szétválás. Az egyesülés vagy összeolvadás vagy beolvadás lehet. Összeolvadás esetében A és B civil szervezet hoz létre egy C szervezetet. Beolvadás során A szervezet nem szűnik meg, csak B és B szervezet beolvad A szervezetbe (vagy értelemszerűen fordítva).

Szétválás esetén A szervezet B és C szervezetre válik szét, illetve A szervezetből kiválik B szervezet, de A szervezet nem szűnik meg.

Amennyiben jogutóddal történik a megszűnés, a megszűnő szervezet tekintetében végelszámolást kell lefolytatni (főszabály szerint, de ez bonyolódhat hitelezői igények esetén).

A törvény részletesen szabályozza a jogutóddal és a jogutód nélkül történő megszűnés eljárási szabályait, a meghozandó döntéseket, a határidőket, a bíróság és a hitelezők szerepét