Az átmeneti rendelkezések valamennyi olyan szabályt összefoglalják, amelyek valamilyen folyamatban lévő üggyel kapcsolatban lényeges eldöntendő kérdésre válaszolnak valamennyi ilyen ügyben érintett szervezetnek.

Átmeneti szabály, hogy költségvetési támogatást 2012. január elsejét követően csak olyan civil szervezet kaphat, amelyik a szabályok szerint benyújtotta a beszámolóját. A szabály alól kivételt képeznek egyes, az 54. § szerinti támogatások. A problémát az okozza, hogy a jogalkotó a civil tv.-ben a 30. §-ra hivatkozik, amelyik szabályozza ugyan a beszámoló letétbe helyezését, ugyanakkor ez a kötelezettség a 30. § szerint minden tárgyévet követő év ötödik hónapjának utolsó napjáig teljesíthető. Ez azt jelenti, hogy ha a civil szervezet a civil tv. rendelkezéseinek eleget tett (a beszámolót május 31-ig elkészítette, a legfőbb szerv elfogadta és azt letétbe helyezték), mégsem nyerhet el támogatást, hiszen a két törvényi szabály ellentétben áll egymással. Igaz ugyan, hogy e jegyzet írásakor már lejárt a kötelező határidő a beszámoló közzététele és elfogadása tekintetében, viszont lényegében eddig fennállt egy joghézag.

Fontos ugyanakkor, hogy a beszámolóval kapcsolatos lényeges tartalmi szabályokat, amelyeket a civil tv. 27-29. §-ai tartalmaznak, először a 2012. évi üzleti évről készített beszámolóra kell alkalmazni.

A civil tv. talán leglényegesebb és a gyakorlatban legfontosabb, legnagyobb érdeklődésre számot tartó átmeneti rendelkezése a közhasznúsággal kapcsolatos, amely szerint a civil tv. hatálybalépése előtt közhasznú státuszt (vagy kiemelkedően közhasznú státuszt) szerzett civil szervezetek továbbra is közhasznúnak minősülnek (a kiemelkedően közhasznú státusz eltűnik, e szervezetek státusza is közhasznú a civil tv. hatálybalépésétől), és a közhasznú státusszal együtt járó kedvezményeket továbbra is igénybe vehetik. Mindezt 2014. május 31-ig tehetik meg, ugyanis akkorra már a hatályos civil tv. szabályai szerint is el tudják készíteni mindkét évben a beszámolójuk közhasznúsági mellékletét. Ezek a szervezetek 2014. május 31-ig kezdeményezhetik közhasznú minősítésük „fenntartását”. E nap után már csak a hatályos civil tv. szabályainak megfelelő, az e törvény alapján közhasznú státuszt nyert közhasznú szervezetek működhetnek (illetve jogosultak a közhasznú minősítés használatára).

Ezzel együtt, ha egy szervezet a civil tv. hatálybalépését megelőző két év beszámolóját (és közhasznúsági jelentését) is letétbe kívánja helyezni, az megteheti ezt. Ebből arra lehet következtetni, hogy ha egyébként a beszámolók alapján megfelel az új civil tv. közhasznúsági szabályainak, a szervezet (létesítő okiratának módosítását követően) az új civil tv. alapján is kérheti közhasznú minősítést, méghozzá előbb, mint 2014. május 31. napja. Tehát nincs olyan szabály, ami meggátolná annak bizonyítását a szervezet részéről, hogy a hatályos feltételeknek megfelelt két évvel ezelőtt is. Viszont ha a korábban hatályos közhasznúsági jelentésből ez nem derül ki, az adatok tartalmát illetően az új közhasznúsági mellékletet el kell készíteni, és csatolni azt a beszámolóhoz.

A 2012. január 1-jét megelőzően indított és folyamatban lévő közhasznúsági nyilvántartásba vétel iránti eljárásokra a 2011. december 31. napján hatályos szabályok irányadóak azzal, hogy kiemelkedően közhasznú jogállás nem állapítható meg. Az eljárást tekintve ugyanakkor a hiánypótlás során már az új eljárási szabályokat kell annyiban alkalmazni, hogy csak teljes bizonyító erejű magánokiratban lehet nyilatkozatot tenni bármivel kapcsolatban.